تئاتر مرجان در سال ۱۳۳۴ توسط نعمت عبدی که از جمله کمدین‌های معروف آن روزگار بود، در کوچه اتحادیه بنا شد. عمر سالن نمایش اما پس از دو سال با مرگ بنیانگذارش در سال ۱۳۳۶ به پایان رسید و تماشاخانه پس از چند سال تعطیلی در سال ۱۳۴۲ با مدیریت دکتر امرالله امان‌پور به سالنی برای نمایش فیلمهای ایرانی تبدیل شد. این سینما به مانند بسیاری از سینماهای درجه سه معروف به سینمای دو فیلمه بود. به این معنا که با یک بلیط دو فیلم به نمایش در می‌آمد. با این وجود در کمتر از دو سال پس از فعالیت، دکتر امان پور مجبور شد تا سینما را در سال ۱۳۴۴ به گروهی از سینماگران آن دوره واگذار کند. این افراد شامل نصرت الله وحدت، وجیه الله محمد عبدی، خسرو تسلیمی و محمود زری باف بود.
یک دهه پس از انتقال مالکیت، محمود زری باف با شراکت مهدی احمدی گرکانی توانست سهم سایر شرکاء خود را خریداری کرده و مالکیت سینما را بر عهده بگیرد. مهدی احمدی تا پیش از شراکت در مالکیت سینما، مدتی کنترلچی سینما بود و پس از آن با همکاری برادرش در خیابان نادری مرکز پخش فیلم ایران (خانه فیلم ایران) را تاسیس کرد.
در پی آتشسوزیهای سریالی سینماهای تهران در فروردین ۱۳۴۸ که در جریان آن سینما پاسفیک (۱۳ فروردین)، سینما سعدی (۲۲ فروردین)، سینما المپیا (۲۶ فروردین) و سینما اونیورسال (۲۹ فروردین) به آتش کشانده شدند، به دستور هیئت وزیران مقرر شد تا از فعالیت تعدادی از سینماهای تهران که از ایمنی پایینی برخوردارند، به صورت موقت جلوگیری به عمل آید. بدین ترتیب در سوم خرداد ۱۳۴۸ به دستور غلامرضا نیک‌پی (شهردار وقت تهران)، سینما مرجان به همراه تعداد دیگری از سینماهای درجه دو و سه تهران مانند شهرزاد، مترو، کورش و تهران برای مدتی از فعالیت بازماندند این تمهید اما چندان کارساز نبود و سینما مرجان پس از رفع محدودیت و فعالیت مجدد، در نهایت در ۱۷ اسفند ۱۳۵۱ طعمه آتش شد. آتش‌سوزی بر اثر انفجار شیشه‌ای با محتوی مواد آتش‌زا آغاز و صدمات فراوانی به همراه داشت. این بطری در زیر یکی از صندلی‌های سینما تعبیه شده بود و انفجار آن هفت نفر مجروح بر جای گذاشت و سینما را برای مدت طولانی به حالت تعطیلی درآورد.
سینما مرجان در سال‌های پس از انقلاب اسلامی، فعالیت خود را از سرگرفت، اما رونق گذشته را هیچ گاه پیدا نکرد و به تدریج به صورت غیرفعال درآمد. مالکان آن چندین بار تقاضای تغییر کاربری سینما را داشتند، اما با مخالفت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی موفق به انجام آن نشدند. روندی که علیرغم پیگیری وارثان مهدی احمدی و محمود زری‌باف در دهه‌های اخیر نیز حاصلی جز ناکامی نداشته است.
