قتل ناصرالدین‌شاه در آستانه پنجاهمین سال پادشاهی‌اش توسط میرزا رضا کرمانی که تحت‌تاثیر افکار سیدجمال اسدآبادی قرار داشت و برای انجام این ترور نیز از حمایت کافی او برخوردار بود. یکی از مهم‌ترین وقایع تاریخ ایران و تا پیش از انقلاب مشروطه مهم‌ترین اتفاق دوره تاریخی قاجاریه قلمداد می‌شود.
ناصرالدین‌شاه از مدت‌ها پیش تدارک «جشن قَران» را دیده بود و تنها یک‌روز پیش از آغاز رسمی این جشن‌ها، در حالی ترور شد که آمده بود با زیارت حضرت عبدالعظیم حسنی، آغاز مبارکی را برای نیم‌قرن دوم پادشاهی خود تدارک ببیند.
عبدالله مستوفی در «شرح زندگانی من» به این نکته اشاره دارد که برای جشن قَران، نمایندگانی از دولت‌های اروپایی به پایتخت ایران آمده بودند. تدارک برنامه نیز بسیار باشکوه دیده شده بود و تمام شهرهای ایران، به ویژه تهران آذین‌بندی شده و آماده برگزاری جشن باشکوه صاحبقرانیه بود. اما این تدارکات هیچ کدام به مقصودی که برای آن در نظر گرفته شده بودند نرسید و برای منظور دیگری مصرف شد و تزئینات نیز جای‌شان را به سیاهی و کتیبه دادند.
درباره قتل شاه قاجار، فرضیه‌های مختلفی مطرح است. معمول‌ترین آن‌ها این اتفاق را یک انتقام شخصی از جانب فردی می‌دانند که از جانب یکی از عمال حکومت به او ظلمی روا شده بود و در تلافی، راس هرم قدرت را هدف قرار داد. این استدلال اگرچه بر مستندات ملموس تاریخی تکیه دارد، اما همه واقعیت نیست.
در شکل روایی داستان، میرزا رضا کرمانی برای شکایت از حاکم کرمان به تهران آمد، اما مورد آزار کامران میرزا قرار گرفت و مدت‌ها به زندان افتاد. پس از آزادی به جمع مریدان سید جمال‌الدین اسدآبادی پیوست و این انگیزه در او تقویت شد تا به عنوان یک راه حل عملی، کامران میرزا را به قتل برساند. از این رو یک پنج لول روسی خرید و تدارک ترور نایب‌السلطنه را فراهم کرد. اما ماجرای شگفت‌انگیز از آنجا آغاز می‌شود که هدف تغییر پیدا کرده و ناصرالدین شاه به جای کامران میرزا قربانی می‌شود.
حمایت سید از ایده ترور پادشاه در حد حرف نماند و تدارکات لازم برای موفقیت در انجام این نقشه را نیز شامل شد. میرزا رضا پس از دیدار با سید جمال در استانبول، به عنوان خدمتکار شیخ ابوالقاسم روحی وارد ایران شد و پس از تهیه تپانچه در بارفروش (بابل) راهی تهران شده و به صورت مخفیانه به دیدار شیخ‌هادی نجم‌آبادی می‌رود و تا زمان انجام ترور تحت مراقبت او قرار می‌گیرد.
میرزا مدت‌ها در حرم منتظر می‌ماند تا لحظه موعود بتواند در نزدیک‌ترین فاصله با پادشاه قرار بگیرد و در ضمن حضورش نیز به دلیل مجاور بودن مشکوک به نظر نیاید. طبعا این نقشه زیرکانه نمی‌تواند از ذهن میرزا تراوش کرده باشد.
پس ازآنکه ناصرالدین‌شاه نمازش را در حرم می‌خواند. به قصد زیارت امامزاده حمزه به سمت ضریح می‌رود. میرزا رضا نیز در جهت عکس حرکت شاه به گرد ضریح می‌چرخد تا اینکه درست مقابل او قرار می‌گیرد. و این همان فرصتی است که مدت‌ها منتظر رسیدنش بود. به قصد تقدیم عریضه، پاکتی را به سمت شاه برده و همزمان از زیر پاکت به قلب او شلیک می‌کند.
یحیی دولت آبادی در خاطرات خود از شب قبل از ترور ناصرالدین شاه روایتی مستند ذکر می‌کند که مطالعه آن خالی از لطف نیست.
«در تاریکی زاویه ایوان شخصی در لباس کسبه دیده می‌شد که صورتش درست تمیز داده نمی‌شد. این شخص میرزا رضای کرمانی است که گوشه تاریکی سرپا نشسته، دست‌ها را بر روی زانو و سر را بر روی دست‌ها گذارده، در دریای فکر و خیال فرو رفته بی‌آنکه تغییر وضعی به خود بدهد یا کلمه‌ای بگوید. در این حال دو تن از زوار در طرف دیگر ایوان نشسته با یکدیگر صحبت داشته درضمن سخن می‌گویند فردا شاه به زیارت می‌آید، قرق هم نمی‌باشد. چون تاکنون رسم بوده است هر وقت شاه به این مزار مشرف می‌شده صحن و حرم را به کلی قرق می‌نمودند. به محض آنکه از زبان این دو زوار شنیده می‌شود شاه فردا به زیارت می‌آید و قرق هم نمی‌باشد، مجسمه فکر و خیال در تاریکی زاویه ایوان به جنبش آمده سر از روی دست و زانوی تحیر برداشته از روی تعجب می‌گوید شاه فردا اینجا می‌آید، قرق هم نیست.»
بعد از ترور، امین‌السلطان تلاش می‌کند ترور را نافرجام نشان دهد و از این رو پیکر بی‌جان شاه را به طرزی در کالسکه سلطنتی می‌نشاند که تداعی زنده بودن بکند. این تمهید کارساز است و برای مدتی کوتاه، ذهن عموم جامعه را از مرگ شاه منحرف می‌کند. اتابک همزمان تلگرافی به تبریز ارسال می‌کند و از او می‌خواهد به سرعت خود را به پایتخت رسانده، زمینه انتقال سلطنت را فراهم سازد. این امر از آن رو مهم بود که کامران میرزا، حاکم تهران داعیه سلطنت داشت و در صورت تعلل، می‌توانست خطری بالقوه برای مظفرالدین به شمار آید.
شرح بی‌میلی مظفرالدین شاه به قصاص قاتل پدرش و اصرار و تاکید روحانیون و درباریان به انجام این امر، از زبان ناظم‌الاسلام کرمانی شنیدنی است:
«از مرحوم شیخ محمد حسن شریعتمدار طهرانی شنیدم که می‌گفت من به اعلیحضرت مظفرالدین شاه گفتم چرا در کشتن میرزا رضا مسامحه دارید و کشتن او را چرا به تاخیر انداختید. مظفرالدین شاه فرمود این شخص قابل کشتن نیست. من جواب دادم اعلیحضرت از حق خود گذشتند و ما رعایا که فرزندان شاه سعید شهید هستیم تا قاتل پدر خود را به دار نبینیم چشممان گریان خواهد بود. مرحوم مظفرالدین شاه فرمود که آیا اینطور کشتن موافق با شرع است و آیا قانون اسلام اجازه می‌دهد که اینطور کسی را به قتل رسانند. چون مقصود مظفرالدین شاه طفره از کشتن بود جناب آقا شیخ محمدرضا مجتهد ملتفت شده با شاه همراهی کرد ولی مرحوم شیخ محمد حسن شریعتمدار یا ملتفت نشده یا به غرضی دیگر اصرار به کشتن میرزا رضا می‌کرد تا شاه متغیر شده رو کرد به اتابک میرزا علی اصغرخان امین‌السلطان و فرمود فردا بدهید سر این پسره را ببرند.» و بدین ترتیب میرزا رضا در ربیع الاول ۱۳۱۴ در ملاءعام به دار آویخته شد.
